Η ερευνητική δραστηριότητα στα πλαίσια του Π.Μ.Σ «Εφαρμογές Μοριακής Βιολογίας» είναι εναρμονισμένη με τους ερευνητικούς άξονες του Τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας επικεντρώνεται στην :
α) την Υγεία και
β) την Αγροδιατροφή & Περιβάλλον.
Πιο συγκεκριμένα,τα ερευνητικά ενδιαφέροντα που εμπίπτουν στον ερευνητικό άξονα της Υγείας αφορούν
i) την Γενετική ανθρώπου
ii) τους Μοριακούς μηχανισμούς ασθενειών
iii) και την Ανάπτυξη Βιοδραστικών  μορίων, ενώ το συνολικό ερευνητικό έργο δίνει έμφαση στην ανάπτυξη καινοτόμων διαγνωστικών και προγνωστικών βιοδεικτών.
Τα ερευνητικά ενδιαφέροντα που εμπίπτουν στον άξονα της Αγροδιατροφής & Περιβάλλοντος αφορούν
i) τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ εντόμων, φυτών και μικροοργανισμών στο περιβάλλον
ii) τα βιοδραστικάπροϊόντα – Βιολειτουργικά τρόφιμα
iii) τις Βιοδιεργασίες και το περιβάλλον
iv) την Μοριακή και Γενετική Βιοποικιλότητα.
Εκτός των παραπάνω, τα μέλη ΔΕΠ που συμμετέχουν στην διδασκαλία του μεταπτυχιακού έχουν αναπτύξει αλληλεπιδράσεις υπό τη μορφή ερευνητικών συνεργασιών μεταξύ των πεδίων :
i) Ανάπτυξη νέων βιοδραστικών μορίων - Βιοδιεργασίες και περιβάλλον
ii) Βιοδιεργασίες και περιβάλλον –  Μοριακή και Γενετική Βιοποικιλότητα
iii) Μοριακή και Γενετική Βιοποικιλότητα – Αλληλεπιδράσεις εντόμων, φυτών μικροοργανισμών στο περιβάλλον
iv) Γενετική ανθρώπου – Μοριακοί μηχανισμοί ασθενειών,
v) Μοριακοί μηχανισμοί ασθενειών – ΒιοδραστικάΠροιόντα και Βιολειτουργικά Τρόφιμα.  

Ερευνητικό προφίλ διδακτικού προσωπικού

Κατά το ημερολογιακό έτος 2022 (έως 11/10/2022), το διδακτικό προσωπικό του Π.Μ.Σ έχει δημοσιεύσει συνολικά 67 (δεδομένα Scopus) και 84 (δεδομένα GoogleScholar) άρθρα. Ο μέσος αριθμός δημοσιεύσεων των μελών για το ίδιο έτος κυμαίνεται μεταξύ 3 και 4 άρθρων αντίστοιχα για κάθε βιβλιογραφική βάση αναφοράς (Εικ. 1, Πίνακας 1). Ως προς τα συγκεντρωτικά δεδομένα όλων των ετών, τα μέλη του διδακτικού προσωπικού δημοσίευσαν συνολικά 1371 (δεδομένα Scopus) και 1742 (δεδομένα GoogleScholar) άρθρα με μέσο όρο δημοσιεύσεων τις 57 (δεδομένα Scopus) και 76 (δεδομένα GoogleScholar) αντίστοιχα (Εικ. 1, Πίνακας 1).
Αναφορικά με την απήχηση του παραγόμενου ερευνητικού έργου, οι αθροιστικές αναφορές του διδακτικού προσωπικού για το έτος 2022 (έως 11/10/2022) ήταν 4072 (δεδομένα Scopus) και 5560 (δεδομένα GoogleScholar).Ο συνολικός αθροιστικός αριθμός αναφορών συγκεντρωτικά από όλα τα έτη είναι 41831 (δεδομένα Scopus) και 59591 (δεδομένα GoogleScholar) (Πίνακας 1). Συμπερασματικά, η απήχηση του ερευνητικού έργου του διδακτικού προσωπικού κατά το έτος 2022 (έως 11/10/2022) ανέρχεται σε ποσοστό 9.73% (δεδομένα Scopus) και 9.33% (δεδομένα GoogleScholar)επί του συνολικού, συγκεντρωτικού αριθμού αναφορών από όλα τα έτη.    
Ως προς την μέση αναλογία αναφορών ανά δημοσίευση από όλα τα έτη συγκεντρωτικά, αυτή κυμαίνεται μεταξύ 31 και 34.8 αναφορών κατά μέσο όρο μεταξύ των δύο βάσεων (Scopus και GoogleScholar αντίστοιχα). Αξίζει να σημειωθεί ότι για το έτος 2022 ο αριθμός αυτός έχει σχεδόν διπλασιαστεί και κυμαίνεται μεταξύ 60.8 και 66.2 αναφορές ανά δημοσίευση, παρότι η απήχηση του δημοσιευμένου έργου δεν έχει προλάβει ακόμα να αποτυπωθεί πλήρως. 
Ειδικότερα για τα δεδομένα από την βάση Scopus, οι ετεροαναφορές αποτέλεσαν το 90.16% του συνολικού αριθμού αναφορών (37716/41831) συγκεντρωτικά για όλα τα έτη, ποσοστό που παρέμεινε ουσιαστικά αμετάβλητο και για το 2022 (90.7%, 3695/4072, Πίνακας 1). Εστιάζοντας στις ετεροαναφορές της τελευταίας 5ετίας, παρατηρείται ανοδική τάση (Εικ. 2, Πίνακας 1) με τιςαθροιστικές ετεροαναφορές κατά το έτος 2018 (2494) να αντιστοιχούν στο 14.2% των συνολικών αθροιστικών ετεροαναφορών της πενταετίας (17571), ποσοστό

που αυξάνεται στο 17.0 % (2991) το 2019, με περαιτέρω αύξηση στο 21.1% (3704) για το 2020 και στο 26.7% (4687) για το 2021. Για το τρέχον έτος (2022) το ποσοστό ήδη κυμαίνεται στο 21.0% (3695) παρόλο που το έτος ημερολογιακά δεν έχει ακόμα ολοκληρωθεί κατά το στάδιο συλλογής των δεδομένων.Καταγράφεται ως ερευνητικό έργο και η συγγραφή 51 κεφαλαίων σε βιβλία.