ΜΑΘΗΣΙΑΚΑ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ
Το μάθημα αυτό διδάσκεται στο πρώτο εξάμηνο σπουδών στους φοιτητές του μεταπτυχιακού προγράμματος. Περιλαμβάνει 5 τρίωρες παραδόσεις/εργαστηριακές ασκήσεις στην αίθουσα υπολογιστών μέσα σε διάστημα δύο εβδομάδων καθώς και την παρουσίαση μιας δημοσιευμένης ερευνητικής εργασίας στο αντικείμενο της Βιοπληροφορικής. Απώτερος σκοπός του μαθήματος είναι η εισαγωγή στην ανάλυση δεδομένων με προγράμματα και βάσεις δεδομένων Βιοπληροφορικής. Στο πλαίσιο των παραδόσεων οι φοιτητές εξοικειώνονται με τις πιο διαδεδομένες βάσεις βιολογικών δεδομένων σχετικά με την ανάλυση ακολουθιών και τους διαγνωστικούς δείκτες, παρουσιάζονται οι αρχές των αλγορίθμων, οι μέθοδοι ανάλυσης ακολουθιών και φυλογένεσης, όπως και παραδείγματα εφαρμογής των παραπάνω, σχετικά με την ανάλυση ιικών παθογόνων (π.χ. SARS-CoV-2, Γρίπη, Ιός Δυτικού Νείλου) και την επιδημιολογία τους.  

Με την ολοκλήρωση του μαθήματος, οι φοιτητές αναμένεται να:

• Είναι σε θέση να γνωρίζουν τις βάσεις δεδομένων βιοπληροφορικής και να κατανοούν προγράμματα που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση δεδομένων
• Να χρησιμοποιούν συνδυαστικάτις γνώσεις τους όσον αφορά στις μεθόδους ανάλυσης ακολουθιών και της φυλογένεσης
• Να επεκτείνουν τις γνώσεις τους στην ανάλυση της επιδημιολογίας συγκεκριμένων παθογόνων
• Να μπορούν να κοινοποιούν με σαφήνεια τις γνώσεις και τα συμπεράσματά τους και να συμμετέχουν ενεργά σε συζητήσεις με κατάλληλη επιχειρηματολογία.

ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ
Η ενότητα περιλαμβάνει:

• Βάσεις Δεδομένων.
• Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών και εφαρμογές (BLAST / PSI-BLAST).
• Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και Αλγόριθμοι φυλογένεσης.
• Εξελικτική ιολογία και ανάδυση ιών σε ζώα και στον άνθρωπο (μοριακή εξέλιξη, δυνάμεις επιλογής σε πληθυσμούς ιών, μεταβολές στο ιικόγονιδίωμα, αναλυτικά παραδείγματα ανάδυσης και εξέλιξης ιών σε ζώα και στον άνθρωπο στον πλανήτη).
• Μοριακή επιτήρηση και επιδημιολογία των ιών με βάση την βιοπληροφορική (Φυλογένεση ιών, φυλογεωγραφία, παραδείγματα μοριακής επιτήρησης ιών στον πλανήτη και συνδρομή της στην επιδημιολογία των ιών της Γρίπης, του Sars-CoV-2  και του ιού του Δυτικού Νείλου)
• Παρουσιάσειςφοιτητών.

ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΦΟΙΤΗΤΩΝ
ΓΛΩΣΣΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗΣ ΣΤΑ ΕΛΛΗΝΙΚΑ
ΜΕΘΟΔΟΣ ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗΣ ΜΕ ΔΟΚΙΜΑΣΙΑ ΠΟΛΛΑΠΛΗΣ ΕΠΙΛΟΓΗΣ,
ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΣΥΝΤΟΜΗΣ ΑΠΑΝΤΗΣΗΣ, ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΔΟΚΙΜΙΩΝ,  ΔΗΜΟΣΙΑ ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΗ

ΣΥΝΙΣΤΩΜΕΝΗ-ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ
Προτεινόμενη Βιβλιογραφία :
Βιοπληροφορική& Λειτουργική Γονιδιωματική, JonathanPevsner
Βιοπληροφορική, Παντελεήμων Μπάγκος
Βιοπληροφορικη: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεϊνών. AndreasD. Baxevanis&B.F. FrancisQuellette. Βιοπληροφορική - Δυνατότητες & Προοπτικές. Σοφία Κοσσίδα.
Σημειώσεις/διαφάνειες/videos του Διδάσκοντος.
Bioinformatics
PLOS Computational Biology
Molecular Biology and Evolution
Nucleic Acids Research